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在選擇色譜柱之前，先多了解自己的樣品和雜質(zhì)，他們的類型結(jié)構(gòu)、極性、酸堿性、分子量大小等等。

1.樣品是極性的且弱酸性的；就可以選擇C18在100%酸性水溶液條件下檢測，即要選擇承受100%純水且對極性化合物保留很好的色譜柱

2. 如果樣品極性太強(qiáng)，或酸性太強(qiáng)；可以選擇CN，NH2，或硅膠柱，HILIC（親水色譜），也有使用C18+強(qiáng)陰離子對試劑或強(qiáng)陰離子交換色譜柱（缺點(diǎn)是離子對試劑平衡時(shí)間長，對流動(dòng)相pH要求比較精密，否 則很難重復(fù)實(shí)驗(yàn)，另外離子對試劑很難洗下來，基本上用了離子對的色譜柱就不能再用于其它實(shí)驗(yàn)）

3. 若樣品是堿性的；可選擇高純硅膠柱（高純硅膠缺少金屬雜質(zhì)，且硅膠端基封尾）或一些經(jīng)過修飾的C18柱（如極性嵌入技術(shù)或堿去活技術(shù)等），他們都會減少堿性化合物的拖尾，一般會選擇中性或偏堿的條件下做，因?yàn)檫@樣可增加堿性樣品的保留

4.如果堿性化合物的極性太強(qiáng)，或堿性太強(qiáng)；可以選擇寬pH的C18色譜柱在高pH值檢測（優(yōu)點(diǎn)是方法開發(fā)簡單，缺點(diǎn)是目前實(shí) 現(xiàn)這一技術(shù)的色譜柱品牌比較少，價(jià)格也高）或者選用HILIC色譜柱（硅膠柱在反相條件下使用，這也是很經(jīng)典的檢測堿性樣品的方法）選擇強(qiáng)離子交換柱（缺點(diǎn) 是不能用來分析其它樣品，對流動(dòng)相pH要求比較精密，否則很難重復(fù)實(shí)驗(yàn)）也有使用C18+強(qiáng)陰離子對試劑或強(qiáng)陰離子交換色譜柱.